Kết quả của các cuộc đàm phán nằm trong một số văn kiện, một Hiến chương Chuyển giao Chủ quyền, một Quy chế Liên minh, một hiệp định kinh tế và các hiệp định về công tác xã hội và quân sự[4]

Họ cũng đạt được hiệp định về việc triệt thoái các binh sĩ Hà Lan "trong thời gian ngắn nhất có thể". Và về việc Hợp chúng quốc Indonesia cấp tình trạng tối huệ quốc cho Hà Lan. Ngoài ra, sẽ không có phân biệt đối xử chống lại kiều dân hoặc các công ty Hà Lan và nước Cộng hòa chấp thuận kế tục các hiệp định mậu dịch do Đông Ấn Hà Lan đàm phán.[5] Tuy nhiên, hai chủ đề lớn gây bất đồng là nợ của chính phủ thực dân Hà Lan và tình trạng của miền Tây đảo Tân Guinea.

Các cuộc đàm phán về nợ quốc nội và ngoại quốc của chính phủ thực dân Đông Ấn Hà Lan bị kéo dài, mỗi bên trình bày các tính toán riêng của mình và tranh luận về Hợp chúng quốc Indonesia có nên chịu trách nhiệm về các khoản nợ mà người Hà Lan gánh sau khi đầu hàng Nhật Bản vào năm 1942. Các phái đoàn Indonesia phẫn nộ trước việc phải tính cả khoản tiền mà họ cho là chi phí quân sự của Hà Lan nhằm chống lại họ. Cuối cùng, nhờ can thiệp của thành viên đại diện cho Hoa Kỳ trong Ủy ban Liên Hiệp Quốc về Indonesia, phía Indonesia nhận thức rằng chấp thuận trả một phần nợ của người Hà Lan sẽ là giá họ phải trả để được chuyển giao chủ quyền. Ngày 24 tháng 10, các phái đoàn Indonesia chấp thuận rằng Indonesia sẽ tiếp nhận khoảng 4,3 tỷ Guilder nợ chính phủ Đông Ấn Hà Lan.[6]

Vấn đề tiếp nhận miền Tây đảo Tân Guinea suýt khiến đàm phán trở nên bế tắc. Các phái đoàn Indonesia có quan điểm rằng Indonesia sẽ bao gồm toàn thể lãnh thổ của Đông Ấn Hà Lan. Người Hà Lan bác bỏ thỏa hiệp, tuyên bố miền Tây đảo Tân New Guinea không có liên kết về dân tộc với phần còn lại của quần đảo[7] Bất chấp quan điểm công chúng tại Hà Lan là ủng hộ chuyển giao miền Tây đảo Tân Guinea cho Indonesia, nội các Hà Lan lo ngại hành động nhượng bộ điều này sẽ khiến Quốc hội không phê chuẩn Hiệp định hội nghị bàn tròn.[8] Cuối cùng, vào những giờ đầu của ngày 1 tháng 11 năm 1949 các bên đạt được một thỏa hiệp: tình trạng của miền Tây đảo Tân Guinea sẽ được xác định thông qua các cuộc đàm phán giữa Hợp chúng quốc Indonesia và Hà Lan trong vòng một năm sau chuyển giao chủ quyền.[9]

Hội nghị chính thức kết thúc tại tòa nhà quốc hội Hà Lan vào ngày 2 tháng 11 năm 1949. Chủ quyền được chuyển giao cho Hợp chúng quốc Indonesia vào ngày 27 tháng 12 năm 1949.[10]